Gần như tất cả đơn vị và hầu hết các cấu trúc đặc trưng trong Command & Conquer đã được tạo ra trong game, mặc dù với những thay đổi thẩm mỹ. Nhân vật mới bao gồm người đột biến, nhóm đặc công ưu tú của GDI được gọi là "Dead Six" và lính Nod đặc biệt như Black Hand, Sakura, và Mendoza.

Một số nhiệm vụ của trò chơi dường như dựa trên một số nhiệm vụ GDI trong Command & Conquer, chẳng hạn như một trong số đó là Tiến sĩ Mobius bị Nod bắt cóc và người chơi có trách nhiệm giải cứu ông, và nhiệm vụ cuối cùng trong Renegade lấy cảm hứng từ cuộc tấn công sở chỉ huy Sarajevo của Kane. Trong nhiệm vụ Renegade cuối cùng, đặt trong Temple of Nod, có căn phòng chứa thi thể của nhân vật Các nhân vật phe Nod trong Command & Conquer#Seth?Seth trong đoạn phim cắt cảnh của Nod trong Command & Conquer.

Trong nhiệm vụ thứ 11 của trò chơi, một con tàu ngoài hành tinh bị bắn rơi có mặt ở gần nhà máy điện và Construction Yard. Nó có màu sắc và cách xây dựng của phe Scrin trong Tiberium War. Bên ngoài là màu xanh trong khi bên trong là một màu xanh lá cây đậm, cũng rất giống với các đơn vị Scrin. Con tàu có thể là một tham chiếu đến cấu trúc bỏ hoang không rõ nguồn gốc trong nhiệm vụ GDI cuối cùng trong Command & Conquer, được xem xét bởi nhiều người cho là sự xuất hiện đầu tiên của Scrin trong lịch sử của dòng game. Cả hai đều bị bắn rơi và gần Temple of Nod.